Bu sorunun size verdiğim koddan kaynaklanması zor gibi görünüyor, verdiğim .htaccess dosyası sonucunda bir hata meydana gelecekse bunun 500 (Internal Server Error) değil, 404 (Not Found) olması gerekiyor :) Ayrıca verdiğim kodlar ile her durumda sitenizin anasayfasını görüntüleyebilmeniz gerekiyor.
.htaccess'i uzaklaştırdığınızda sorun devam ediyor mu? Eğer sorun devam etmiyorsa .htaccess dosyasının içeriğindeki kodları değiştirmeden kodlamasını UNIX olarak değiştirebilir misiniz? Belki DOS tipi satır sonladırma nedeni ile sunucunuz düzenledğiniz .htaccess dosyasının içeriğine ulaşamıyor olabilir.
Eğer sorun .htaccess'i uzaklaştırdığınız durumda da devam ediyorsa, problem konusunda sunucunuza danışmanızı öneririm.
Not: UNIX kodlamasını UltraEdit yardımı ile "File > Conversions > DOS to UNIX" yolunu takip ederek gerçekleştirebilirsiniz.