Öncelikle bir Lost hayranı olarak sitenizi severek takip ettiğimi belirtmek istiyorum, başarılı çalışmanız için tebrik ederim :)
Sorununuza gelince, maalesef bu durum paylaşımlı sunucularda barındırılan ve yükselen bir trafik sergileyen tüm web sitelerinin kaderi. İster ucuz isterse de pahalı olsun, tüm paylaşımlı sunucu sağlayıcıları bir müddet sonra aynı tepkiyi veriyorlar; "Siteniz gereğinden fazla sistem kaynağı kullanarak sunucunun genel işleyişini etikiliyor, sorunu gidermeniz ya da bir üst düzey pakete geçmeniz gerekiyor. Aksi takdirde sitenizin yayını durdurulacaktır." Firmalar bu gibi durumlarda suçu genellikle yazılımlara atmayı tercih etseler de, sorun çoğu kez bir sunucu üzerinde kaldırabileceğinden fazla kullanıcı hesabı oluşturulmasından kaynaklanıyor.
İyi optimize edilmemiş eklentilerin de sunucu kaynaklarının aşırı kullanımına neden olduğu doğrudur, fakat sabıkalı olanları tesbit etmek için hem zamana hem de sunucu sağlayıcınızın size sağlayacağı işlem gücü kullanım loglarına ihtiyacınız olacaktır (ki bildiğim kadarı ile çok az firma bunları sunuyor). Kısa vadede çözüm oluşturabilmek açısından WordPress'in tümleşik önbellekleme fonksiyonundan yararlanmayı ya da, hali hazırda bu özelliği kullanıyor ve yetersiz kaldığını düşünüyorsanız, wp-cache 2.0 gibi eklentilerden faydanalanmayı düşünebilirsiniz.
Eğer eklenti yükünü hafifletmek için birkaçından vazgeçmeyi düşünüyorsanız, özellikle işlevlerini yerine getirmek için veri tabanı sorgularına ihtiyaç duyanlardan başlamanızı öneririm. .htaccess ve permalink ayarlarınızın sorununuz ile çok ilişkili olduğunu sanmıyorum. Zira böyle bir durum olsa bile bu, sizin veya WordPress'in değil, yanlış konfigüre edilmiş web sunucunuzun suçudur.
Umarım probleminizin üstesinden gelirsiniz, sizi izlemeye devam etmek isterim ;)